Die Anpassungen im Bereich der Flugsicherung betreffen zum einen die Ausweitung des Geltungsbereichs der europäischen Regelung auf die An- und Abfluggebühren sowie zum anderen die Quersubventionierung der Flugsicherungsdienste auf Regionalflugplätzen.

Der Anwendungsbereich der europäischen Vorgaben umfasst neu auch die An- und Abfluggebühren. Die entsprechende Durchführungsverordnung ist am 1. Februar 2014 für die Schweiz in Kraft getreten und kommt seit 1. Januar 2015 zur Anwendung. Die Verfahren für die Festsetzung und Genehmigung von Streckengebühren sowie von An- und Abfluggebühren für die Flughäfen der Kategorie I (Zürich und Genf) sind in der europäischen Gesetzgebung umfassend geregelt.

Die neue Gesetzgebung verbietet in Zukunft die Quersubventionierung zwischen Flughäfen, die der europäischen Regelung unterstehen (Zürich und Genf), und anderen Flugplätzen. Zudem werden die Kosten der An- und Abflugsicherung auf den Regionalflugplätzen nicht mehr von der Skyguide gedeckt. Nach Ablauf einer Übergangsfrist, die am 31. Dezember 2015 endete, hätten die Regionalflugplätze die Flugsicherungsdienste selber finanzieren müssen.

Die Verlängerung der Übergangsfrist bis zum 31. Dezember 2016 soll es den Regionalflughäfen erlauben, angemessene Lösungen auszuarbeiten und den Umfang der Flugsicherungsdienste zu bestimmen, die sie anbieten und finanzieren wollen, wobei eine ausreichende Sicherheit zu gewährleisten ist. Der Anteil des Mineralölsteuerertrags, der zur Finanzierung der Flugsicherung dient, wird vorübergehend angehoben.