In ihrer jetzigen Form gibt es die Universität Luzern seit dem Jahr 2000 – ihre Wurzeln reichen jedoch bis ins Jahr 1574 zurück. Hintergrund bildet eine dramatische Polarisierung: Reformation und katholische Reform teilten damals die Eidgenossenschaft in zwei grosse Blöcke. Dies in puncto Religion und Mentalität, aber auch hinsichtlich des kulturellen Lebens und damit der Bildung. Zürich, Bern, Genf und Lausanne gründeten höhere Schulen, in Basel erhielt die Universität ein konfessionell reformiertes Profil. Die katholische Seite geriet ins Hintertreffen und suchte energisch nach Wegen, aufzuschliessen. Eine eigene Bildungseinrichtung für Söhne aus den katholischen Gebieten der Eidgenossenschaft sollte Abhilfe schaffen. Schliesslich wurde Luzern als Standort ausgewählt.
Als Speerspitze der Gegenreformation galt der Jesuitenorden. So kam es, dass die Luzerner Regierung ein beträchtliches Stiftungskapital beschaffte und den Papst darum bat, Jesuiten zu entsenden. Die ersten drei Patres trafen im August 1574 ein und begannen in einem Provisorium mit dem Unterricht. Beinahe wäre die definitive Schulgründung gescheitert, denn die Jesuiten forderten eine deutlich bessere Ausstattung. Im Mai 1577 wurde die neue Stiftung mit dem Stiftungsbrief – siehe Abbildung links – besiegelt («IHS» = Iesum Habemus Socium; dt. Wir haben Jesus als Gefährten). Die Regierung übernahm für 20 Lehrer den Unterhalt und stellte die Einrichtungen zur Verfügung. Als Niederlassung und Kollegiumsgebäude diente der Rittersche Palast – es ist heute der zentrale Teil des Regierungsgebäudes. Das Schulhaus wurde zwei Jahre später fertiggestellt. Auch dieses existiert, notabene als Neubau, noch und ist der Sitz des Bildungs- und Kulturdepartementes. Für den Gottesdienst richtete die Stadt zunächst innerhalb des Ritterschen Palastes eine Hauskapelle ein. Später liess sie die Jesuitenkirche bauen, die an der Westseite des Kollegiums als Flügel angefügt wurde.
