Die Thomas-Akademie verdankt sich dem Wirken des in Ruswil geborenen Theologen Anton Portmann (1847–1905), der als Professor an der Höheren Lehranstalt Luzern über drei Jahrzehnte in den Fächern Enzyklopädie, Apologetik und Dogmatik lehrte. Im Zentrum seines Interesses stand das Studium des wohl bedeutendsten Philosophen und Theologen des Mittelalters, Thomas von Aquin (1224/25–1274). Zusammen mit seinem Schüler Nikolaus Kaufmann gründete er das wissenschaftliche Institut der "Akademie des hl. Thomas" am 7. März 1881. Im Jahre 1897 ergänzte er diese Einrichtung um eine weitere "Thomas-Akademie" für Studierende der Theologie zur Pflege der thomistischen Philosophie und Theologie, auf welche die bis heute von prominenten Persönlichkeiten aus Kirche, Wissenschaft und Gesellschaft gehaltenen Vorträge zurückgehen.
2016 hielt Prof. Dr. Kurt Kardinal Koch, Präsident des Päpstlichen Rates zur Förderung der Einheit der Christen, den Festvortrag der Thomas-Akademie.