Clemens Thoma wurde am 2. November 1932 in Kaltbrunn SG geboren.

Nach theologischen Studien in St. Augustin bei Bonn und St. Gabriel bei Wien erfolgte 1961 seine Priesterweihe. An der Universität Wien studierte er Judaistik und wurde 1966 promoviert.

Von 1967 bis 1971 war er Assistenzprofessor am Institut für Jüdische Studien der Universität Wien. Bereits in dieser Zeit begann sein Engagement im christlich-jüdischen Dialog.

1971 wurde er als Ordinarius auf den Lehrstuhl für Judaistik und Bibelwissenschaft der Theologischen Hochschule Luzern berufen. Clemens Thoma forschte im Bereich des antiken Judentums, vor allem über die rabbinischen Gleichnisse, gab bis 2002 die Zeitschrift "Freiburger Rundbrief" heraus sowie die Reihe "Judaica et Christinana".

1981 gründete er das Institut für Jüdisch-Christliche Forschung (IJCF), das er bis zu seiner Emeritierung im Jahre 2000 leitete und das heute integraler Bestandteil der Universität Luzern ist. 

Als Fachmann für den interreligiösen Dialog wurde P. Thoma 1976 Konsultor der Vatikanischen Kommission für die religiösen Beziehungen zum Judentum und beriet die Schweizer Bischofskonferenz hinsichtlich des christlich-jüdischen Gesprächs. 1994 wurde er zusammen mit Jakob Josef Petuchowski mit der Buber-Rosenzweig-Medaille ausgezeichnet. 2001 erhielt er die Ehrennadel der Stadt Luzern. Nach 2000 wirkte P. Thoma als Priester im Kloster Schänis.

Clemens Thoma war einer der grossen Brückenbauer in der Begegnung von Juden und Christen. Er war ein leidenschaftlicher Lehrer und Forscher, der auf markante Weise Generationen von Theologie-Studierenden wertvolles Wissen über das Judentum und die Freude am Fach Judaistik vermittelte. Auf theologischer Ebene entwarf er eine christliche Theologie des Judentums. Er war ein Wissenschaftler von internationalem Ansehen und mit gesellschaftlicher Wirkung, der auch kritische und unbequeme Fragen nicht scheute. Sein Leben, Denken und Glauben waren geprägt von der tiefen Überzeugung der Notwendigkeit der jüdisch-christlichen Versöhnung. Diesem Ideal widmete er sich mit unermüdlicher Schaffenskraft und von ganzem Herzen. Wir werden sein Andenken ehren und seine Arbeit in Treue und Dankbarkeit fortsetzen.