Die ehemalige Schulkirche des Jesuitengymnasiums (bis 1773) ist keine Pfarrkirche. Die Kirche gehört dem Kanton Luzern. Zwischen dem Kanton Luzern und der Katholischen Kirchgemeinde besteht ein Vertrag (1989): "Der Kanton Luzern stellt die Jesuitenkirche der Kirchgemeinde für Gottesdienste im Rahmen der allgemeinen Gottesdienstordnung der katholischen Pfarreien der Stadt zur Verfügung".
Die Kirche hat im Kirchenschiff 420 feste Plätze, mit Zusatzbestuhlungen und auf den Emporen sind maximal 950 Plätze (inkl. Chor und Orchester) vorhanden. In der Sakristei finden 100 Personen Platz.

Für die Gottesdienste ist das Collegium Xaverianum, die Professoren der Theologischen Fakultät der Universität Luzern, zusammen mit dem Kirchenvorsteher (Präfekt) verantwortlich. Träger der Kirchenmusik ist das Collegium Musicum der Jesuitenkirche, das vom Kirchenmusiker der Jesuitenkirche geleitet wird. Für Geistliche Konzerte und gewisse andere Veranstaltungen können die Jesuitenkirche und die Sakristei gemietet werden.