Zu den bisherigen Prorektoraten für Forschung sowie Lehre und Internationale Beziehungen kommt ein Prorektorat für Universitätsentwicklung. Neu verfügt die Universität zudem über ein Generalsekretariat. Dieses, die Prorektorate und die Verwaltungsdirektion erbringen zentrale Dienstleistungen für die Fakultäten und die gesamte Universität.

Mit der Optimierung der Leitungsorganisation wird die Rolle der Prorektorin und Prorektoren gestärkt, indem sie für ihren Bereich die Führungsverantwortung übernehmen. Zudem wird die Organisation vereinfacht. Gleichzeitig wird die Führung der Universität breiter abgestützt, indem alle Fakultäten in der Universitätsleitung vertreten sind. Diese besteht aus dem Rektor Prof. Dr. Bruno Staffelbach, dem Prorektor Forschung Prof. Dr. Martin Baumann, der Prorektorin Lehre und Internationale Beziehungen Prof. Dr. Martina Caroni, dem Prorektor Universitätsentwicklung Prof. Dr. Markus Ries, dem Generalsekretär Dr. Wolfgang Schatz sowie der Verwaltungsdirektorin Dr. Esther Müller.  Die erweitere Universitätsleitung umfasst zudem die Dekane der vier Fakultäten.