Schwerpunkte der Forschung von Konrad Ott sind unter anderem Diskursethik, nachhaltige Entwicklung, Akzeptanzprobleme des Naturschutzes und dessen ethisch-moralische Begründung, Naturschutzgeschichte, ethische Aspekte des Klimawandels, grüne Gentechnik sowie Technikfolgenabschätzung. Er erarbeitete eine stark ethisch geprägte Theorie der Nachhaltigkeit und trug, u.a. durch die Monografie „Theorie und Praxis starker Nachhaltigkeit“ zur Differenzierung des theoretischen Nachhaltigkeitskonzepts in schwache und starke Nachhaltigkeit bei. Vor dem Hintergrund seiner stark durch Habermas' Philosophie und politische Theorie geprägten Herangehensweise sind seine zentralen Merkmale der Bezug zu bestehenden Gerechtigkeitstheorien und der Versuch, das Naturkapital zu identifizieren und dieses aktiv zu diskutieren. Die Verknüpfung des Nachhaltigkeits- und des Gerechtigkeitsdiskurses sieht Ott als Mittel, die Gestaltung der Natur durch den Menschen in Einklang mit ihrer essentiellen Bewahrung zu bringen.